การพัฒนาโมเดล Machine Learning: การปรับจูน โมเดลสุดท้าย และ Internal Validation

Clinical Epidemiology ResearchData Analytics or StatisticsUniqcret doctor knowledges TH
การพัฒนาโมเดล Machine Learning: การปรับจูน โมเดลสุดท้าย และ Internal Validation
On this page

การสร้าง prediction model ที่ดี จำเป็นต้องแยก 3 ขั้นตอนสำคัญ ออกจากกันอย่างชัดเจน เพราะแต่ละขั้นตอบคำถามทางระเบียบวิธีคนละข้อ

ขั้นตอน เป้าหมาย คำถามหลัก
1. การปรับจูนพารามิเตอร์ (Hyperparameter tuning) การคัดเลือกโมเดล โมเดลแบบใด generalize ได้ดีที่สุด
2. การฟิตโมเดลสุดท้าย (Final model fitting) การประมาณโมเดล โมเดลสุดท้ายคืออะไร
3. การตรวจสอบความตรงภายใน (Internal validation) การประเมินสมรรถนะ เรากำลังประเมินสมรรถนะสูงเกินจริงอยู่มากแค่ไหน

หากไม่แยกทั้ง 3 ขั้นตอนนี้ออกจากกัน ผลลัพธ์ที่ได้มักจะ มีอคติและทำซ้ำได้ยาก


1. การปรับจูนพารามิเตอร์

วัตถุประสงค์

เลือกชุดพารามิเตอร์ของโมเดลที่ทำให้สมรรถนะบนข้อมูลใหม่ดีที่สุด

Best model = arg maxλ [Cross-validated performance]

วิธีที่แนะนำ: Cross-validation

กลไก

  • แบ่งข้อมูลออกเป็น K folds
  • ใช้ K−1 folds สำหรับฝึกโมเดล
  • ใช้ fold ที่เหลือสำหรับทดสอบ
  • ทำซ้ำจนครบทุก folds
  • นำผลสมรรถนะมาเฉลี่ย

ความหมายเชิงระเบียบวิธี

คุณสมบัติ ความหมาย
การแยกระหว่าง train/test เลียนแบบ external validation
อคติของการประมาณ มักออกไปทาง pessimistic เล็กน้อย
ข้อดี ลดโอกาส overfitting ระหว่างการเลือกโมเดล

ทำไมขั้นตอนนี้จึงสำคัญ

การปรับจูนพารามิเตอร์เป็นปัญหาแบบ model selection ไม่ใช่การสรุปสมรรถนะสุดท้ายของโมเดล

คำถามจริงของขั้นตอนนี้คือ

“โมเดลแบบไหนจะทำงานได้ดีที่สุดกับผู้ป่วยใหม่”

Cross-validation จึงเหมาะ เพราะประเมินความสามารถในการ generalize ได้โดยตรง

แนวคิดนี้สอดคล้องกับหลักการพัฒนา prediction model ที่เน้น generalizability ระหว่างการสร้างโมเดล


สิ่งที่ไม่ควรทำ

  • ไม่ควรใช้ bootstrap สำหรับ tuning
  • ไม่ควรใช้ apparent performance หรือผลบน training data โดยตรง

เหตุผลคือ

  • วิธีเหล่านี้มีแนวโน้ม optimistic
  • ทำให้สมรรถนะของโมเดลดูดีกว่าความเป็นจริง

2. การฟิตโมเดลสุดท้าย

วัตถุประสงค์

เมื่อเลือก hyperparameters ที่ดีที่สุดแล้ว ขั้นตอนถัดไปคือ

ฟิตโมเดลสุดท้ายด้วย ข้อมูลทั้งหมดที่มี


เหตุผลที่ต้องใช้ข้อมูลทั้งหมด

วิธี ผลตามมา
ใช้ข้อมูลทั้งหมด ได้พลังทางสถิติสูงสุด
ใช้เพียงบางส่วนของข้อมูล สูญเสียข้อมูลโดยไม่จำเป็น

บทบาทเชิงแนวคิด

ขั้นตอนนี้คือการนิยามว่า final prediction model ของคุณคืออะไร เช่น

  • ค่าสัมประสิทธิ์สุดท้าย ถ้าเป็น regression
  • โครงสร้างต้นไม้สุดท้าย ถ้าเป็น Random Forest
  • ฟังก์ชันทำนายสุดท้ายของโมเดล

ข้อชี้แจงสำคัญ

แม้จะฟิต final model แล้ว แต่โมเดลนี้ ยังไม่ถือว่าผ่านการตรวจสอบความตรง

สมรรถนะที่เห็นจากข้อมูลเดิมยังคงเป็น

Apparentperformance=Trueperformance+Optimism

กล่าวคือ ผลที่เห็นยังปนด้วย optimism อยู่


3. การตรวจสอบความตรงภายใน

วัตถุประสงค์

ประเมินและแก้ไขผลของ overfitting

Trueperformance=Apparentperformance-Optimism

มีอยู่ 2 วิธีที่ใช้ได้


ทางเลือก A: Cross-validation

กลไก

  • ฟิตโมเดลซ้ำในแต่ละ fold
  • ประเมินผลบน held-out data
  • นำผลมาเฉลี่ย

คุณสมบัติ

คุณสมบัติ ความหมาย
อคติของการประมาณ มัก pessimistic เล็กน้อย
การใช้ข้อมูล มีประสิทธิภาพน้อยกว่า เพราะแต่ละครั้งไม่ได้ใช้ข้อมูลครบทั้งหมด
ความง่ายในการใช้ ทำได้ง่าย

ทางเลือก B: Bootstrap (นิยมกว่าใน CPM)

กลไกแบบ optimism correction

  1. ฟิตโมเดลบนข้อมูลทั้งหมด แล้วได้ apparent performance
  2. สุ่ม bootstrap sample ขึ้นมา
  3. ฟิตโมเดลบน bootstrap sample นั้น
  4. ประเมินสมรรถนะ 2 จุด
    • บน bootstrap sample เอง (training performance)
    • บนข้อมูลต้นฉบับ (testing performance)
  5. คำนวณ optimism
Optimism=Performancetrain-Performancetest
  1. ทำซ้ำหลายรอบ
  2. แก้ไขค่าที่ได้
Correctedperformance=Apparent-Meanoptimism

คุณสมบัติ

คุณสมบัติ ความหมาย
การใช้ข้อมูล ใช้ข้อมูลเต็มชุด
การแก้อคติ ประเมิน optimism ได้โดยตรง
ผลลัพธ์ ได้ optimism-corrected performance

ทำไม bootstrap จึงมีพลัง

Bootstrap ตอบคำถามนี้ได้ตรงที่สุด

“ฉันกำลังประเมินสมรรถนะของโมเดลในข้อมูลของตัวเองสูงเกินจริงอยู่เท่าไร”

นี่สอดคล้องกับหลักการสำคัญในการทำโมเดล คือ

ต้องแยก signal ออกจาก bias และ random error


เมื่อนำทั้ง 3 ขั้นมารวมกัน

กระบวนการที่สมบูรณ์

ขั้นที่ 1 — Hyperparameter tuning

  • ใช้ cross-validation
  • เลือก model configuration ที่ดีที่สุด

ขั้นที่ 2 — Fit final model

  • ฝึกโมเดลบนข้อมูลทั้งหมด
  • กำหนดโมเดลสุดท้ายให้แน่นอน

ขั้นที่ 3 — Internal validation

  • ใช้ bootstrap เป็นหลัก หรือใช้ cross-validation ก็ได้
  • ควรรายงาน
    • Apparent performance
    • Corrected performance

การแยกเชิงแนวคิดที่สำคัญมาก

ขั้น สิ่งที่กำลังประมาณ
Tuning ความสามารถในการ generalize ของโมเดลแต่ละแบบ
Final model รูปแบบโมเดลที่ดีที่สุด
Validation ระดับ optimism หรือ bias ของ performance

ประเด็นสำคัญ

ถ้าไม่แยก 3 ขั้นตอนนี้ให้ชัด

  • การเลือกโมเดลกับการ validate จะปะปนกัน
  • สมรรถนะจะถูกประเมินสูงเกินจริง
  • ผลลัพธ์จะขาด reproducibility

ความหมายทางคลินิก

ขั้นตอน ความหมายทางคลินิก
Tuning “โมเดลไหนจะทำงานได้ดีที่สุดกับผู้ป่วยใหม่”
Final model “นี่คือโมเดลที่ฉันจะใช้จริง”
Validation “ฉันกำลังประเมินสมรรถนะของมันสูงเกินจริงอยู่มากแค่ไหน”

สรุปสาระสำคัญ

  • Hyperparameter tuning, final model fitting และ internal validation เป็นคนละขั้นตอน และตอบคนละคำถาม
  • Cross-validation เหมาะสำหรับการเลือกโมเดล
  • Final model ควรถูกฟิตด้วยข้อมูลทั้งหมด
  • Internal validation ต้องมีหน้าที่แก้ optimism
  • Bootstrap มักเหมาะกว่าในการประเมิน optimism ของ clinical prediction model
  • การแยก 3 ขั้นตอนนี้อย่างชัดเจนเป็นหัวใจของผลลัพธ์ที่ถูกต้องและตีพิมพ์ได้
0
ถึงนักอ่านชาวไทยและต่างชาติทำความเข้าใจบริบททางการแพทย์ของผมอ่านต่อ →ถึงนักอ่านชาวไทยและต่างชาติทำความเข้าใจเนื้อหาของผมที่นอกเหนือจากการแพทย์อ่านต่อ →

ความคิดเห็น

ยังไม่มีความคิดเห็น มาเป็นคนแรกกันเลย

เข้าสู่ระบบเพื่อแสดงความคิดเห็น

การพัฒนาโมเดล Machine Learning: การปรับจูน โมเดลสุดท้าย และ Internal Validation — Uniqcret